장애인고용부담금은 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따라 일정 규모 이상의 기업이 장애인을 법정 고용비율에 미달하여 고용하지 못한 경우 납부해야 하는 부담금입니다. 이는 장애인 고용을 장려하고, 고용에 따른 부담을 기업 간 형평성 있게 나누기 위한 제도입니다.
법인세법상 손금산입 여부는 오랜 기간 논쟁이 되어왔습니다. 과거에는 해당 부담금이 '의무 위반에 따른 제재성 공과금'이 아니라는 해석이 우세하여 일반적으로 손금산입이 가능하다고 보아왔습니다. 그러나 2018년 기획재정부 유권해석 이후, 과세당국은 장애인고용부담금이 법령상 의무 불이행에 따른 것으로 보아 손금불산입 대상이라는 입장을 고수하고 있으며, 이에 따라 기업들도 부담금을 손금불산입 처리하여 법인세를 신고해왔습니다.
이에 따라 다수 기업들이 장애인고용부담금은 손금에 산입되어야 한다는 취지로 경정청구 및 소송을 제기하였고, 최근 1심과 2심 법원은 기업의 손을 들어주는 판결을 내렸습니다. 법원은 해당 부담금이 단순한 제재로 보기 어려운 공적 분담금 성격에 가깝다고 판단하였고, 손금산입이 가능하다는 입장을 밝혔습니다. 현재 이 사안은 대법원에서 최종 판결을 기다리고 있습니다. 만약, 대법원에서도 하급심과 동일한 판단을 내릴 경우, 손금불산입으로 인해 과다 납부한 법인세에 대해 환급이 가능해지므로, 관련 기업들은 경정청구를 통해 환급을 받을 수 있게 됩니다. 특히, 아직 경정청구를 진행하지 않은 기업이라 하더라도, 대법원 판결 확정 이후에는 적극적으로 청구에 나설 것으로 예상됩니다.
다만, 경정청구는 해당 과세연도의 법인세 신고기한으로부터 5년 이내에만 가능하므로, 대법원 판결 확정 전이라도 기한이 임박한 연도에 대해서는 선제적으로 경정청구를 준비할 필요가 있습니다. 기업들은 경정청구 가능 기간을 점검하고, 필요한 경우 관련 증빙자료를 미리 확보하여 대응하는 것이 바람직합니다.
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장애인고용부담금의 세무 처리와 관련하여 보다 구체적인 검토가 필요한 경우, 혜성회계법인 세무자문팀의 김형주 이사 (hjkim@hscpa.co.kr)에게 문의주시기 바랍니다.
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